GAEを使っているとKey-Value Storeの方に慣れてしまいますが、MySQLのログを管理する機会があったのでまとめておきます。
mysql-bin.xxxxxx
レプリケーション設定のために保存される「mysql-bin.xxxxxx」ファイルが有りますが、この末尾の番号は世代管理になります。よってレプリケーションに必要な物は最新(番号が大きいもの)があれば問題ありません。
ホスト名-slow.log
実行に long_query_time 秒より長くかかった SQL コマンドがすべてログファイルに書き込まれるファイルです。パフォーマンスチューニングを行うときに参考になります。
また、ログファイルは放っておくとどんどん肥大化していくので適宜ログローテートをした方が良いです。強制的にログファイルの入れ替えをするには下記のコマンドすれば良いです。
mysql > FLUSH LOGS;
ログデータは放置しておくと意外とストレージ容量を圧迫しますので、定期的に確認した方が良いでしょう。
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